Nhật Ký Trao Đổi Bí Mật kể về Nozomi Kuroda, một học sinh lớp 2 trung học phổ thông, phát hiện một bức thư bí mật từ Jun Setoyama - người bạn nổi tiếng trong trường. Dù ban đầu cảm thấy xấu hổ, Nozomi quyết định tham gia vào cuốn nhật ký trao đổi bí mật với Jun. Những cảm xúc và suy nghĩ khác biệt giữa họ dần tạo nên sự hấp dẫn đặc biệt, khiến cho Nozomi không thể tiết lộ sự thật về việc đang trao đổi tin nhắn với Jun. Sự góp mặt của Fumiya Takahashi, Hiyori Sakurada và các diễn viên khác đã tạo nên câu chuyện gây cấn và lôi cuốn trong bộ phim này.